Возбудитель гонококк (A.Neisser, 1879), который относится к парным коккам и имеет форму кофейных зерен или почек, длиной от 1,25 до 1,6 мкм и в поперечнике от 0,7 до 0.8 мкм.
В настоящее время встречаются атипичные формы (крупные шаровидные, мелкие пылевидные L-формы), которые устойчивы к антибиотикотерапии.
Некоторые штаммы гонококков вырабатывают пенициллиназу ( фермент разрушающий пенициллин ) и β-лактазу. Чаще гонококки размножаются путем поперечного деления.
При электронной микроскопии определяются тонкие трубчатые нити-пили, играющие роль в вирулентности, способности передачи генетической информации. Гонококки малоустойчивы (гибнут в мыльной воде, при высыхании) , более жизнеспособны во влажной среде, культивируются на питательных средах (мясопептонный агар с добавлением нативного человеческого белка) .
Оптимальная температура для размножения +36,5-37 °С, более высокая температура действует губительно , а низкая переносится лучше .
Химические препараты (соли серебра, ртути и др.) в малых концентрациях вызывают гибель гонококков.
В экспериментальных условиях у животных гонорея не получена. Гонококки паразитируют и поражают органы, слизистые которых покрыты цилиндрическим эпителием (конъюнктива глаз, уретра, цервикальный канал, нижний отдел прямой кишки). Вовлечение в процесс слизистых, покрытых многослойным плоским эпителием (наружные гениталии, глотка) и кожи встречается редко - при мацерации кожи и слизистых, механической и химической травматизации, гормональной перестройки). После попадания на слизистые гонококки распространяются путем непосредственного перехода на слизистой оболочке (per continuitatem) или, проникая в лимфатические щели и сосуды, переносятся в различные отделы мужских и женских мочеполовых органов, что подтверждается поражением уретральных желез, придатков яичек, предстательной железы у мужчин и быстрым развитием аднексита у женщин.