Микроскопически : атипичная пролиферация эпидермиса с регрессивными дегенеративными проявлениями. На поверхности эпидермиса наблюдаются гипер- и паракератоз. Эпителиальные островки удлинены, утолщены, отмечается акантоз. Исчезает правильность строения мальпигиеваслоя с признаками интраэпителиального полиморфизма.
На фоне болезни Боуэна, как правило, развивается недифференцированный рак, который проявляется бурным инфильтративным ростом, нередко с изъязвлением, при этом быстро возникают метастазы (боуэноид-карцинома).
Дифференциальный диагноз следует проводить со старческой кератомой, при которой более выражены гиперкератоз и папилломатоз.
Лечение хирургическое, возможны лазерная и криодеструкция. При переходе болезни Боуэна в инвазивный рак рекомендуется проведение лучевой терапии или комбинированного лечения.