Поражение тонкого кишечника наблюдается при многих системных и эндокринных заболеваниях, например склеродермии. При некоторых заболеваниях поражение тонкой кишки развивается в результате сопутствующих нарушений иммунитета, например сахарном диабете, или в результате первичных нарушений моторики кишечника и процессов всасывания (при гипертиреозе). Присоединяющийся позже дисбактериоз усугубляет нарушения всасывания. Синдром мальабсорбции наблюдается при ряде кожных заболеваний - псориазе, экземе и др. Обычно он выражен незначительно и может быть выявлен лишь при специальном обследовании.