Для острого бактериального простатита характерно гнойное воспаление в виде отека, застойных явлений и диссеминированных мелких абсцессов либо крупных сливающихся гнойно-некротических очагов. Возможно развитие флегмоны предстательной железы. При этом она увеличена и размягчена. Чаще всего при микроскопическом исследовании обнаруживают минимальную лейкоцитарную инфильтрацию в строме, скопления лейкоцитов в просвете концевых отделов желез и усиленную секрецию в железистых клетках. Возможно заживление с исходом в рубцевание и последующим обызвествлением. Если экскреторные протоки на фоне воспаления закупорены экссудатом или секретом, происходит хронизация воспаления.
Хронический бактериальный простатит характеризуется скоплениями лимфоцитов, плазматических клеток, макрофагов и нейтрофилов, развитием соединительной ткани. При этом заболевании имеют значение рецидивы инфекций мочевых путей (уретриты, циститы), вызванные тем же видом возбудителя. Хронический безмикробный простатит сходен по морфологическим признакам с бактериальным простатитом. Однако в анамнезе отсутствуют рецидивы инфекции мочевых путей.