Столбчатая зона выстлана многослойным кубическим, промежуточная - многослойным плоским неороговевающим, кожная - многослойным плоским ороговевающим эпителием. Собственная пластинка столбчатой зоны образует 10-12 продольных складок, так называемые столбы Морганьи, содержит много кровяных лакун, кровь от которых оттекает в геморроидальные вены. Здесь размещены одиночные лимфатические узлы. Собственная пластинка промежуточной зоны богата эластичные волокна, диссоциированной лимфоциты и тканевые базофилы, здесь находятся конечные отделы сальных желез. В соединительнотканной собственной пластинке слизистой оболочки кожной зоны локализуются волосяные фолликулы, концевые отделы апокриновых потовых желез, так называемые циркум-анальные железы, сальные железы. Мышечная пластинка слизистой оболочки прямой кишки образована внутренним циркулярным и наружным продольным слоями гладких миоцитов.
Подслизистая основа прямой кишки образована рыхлой соединительной тканью, в которой размещены нервные и сосудистые сплетения. Среди последних следует выделить сплетения геморроидальных вен, в случае потери тонуса стенки могут возникать геморроидальные кровотечения. В подслизистой основе прямой кишки является большое количество барорецепторов (телец Пачини), раздражение которых играет существенную роль в механизмах дефекации. Слизистую оболочку и подслизистую основу столбчатой ??зоны прямой кишки в радиальном направлении пронизывают 6-8 анальных желез. Это разветвленные трубчатые железы со слизистым типу секрета, которые от поверхности слизистой оболочки достигают внутреннего циркулярного слоя мышечной оболочки. Воспаление анальных желез может провоцировать возникновение свищей прямой кишки.
Мышечная оболочка прямой кишки образована внутренним циркулярным и наружным продольным слоями гладкомышечных клеток, между которыми залегают прослойки соединительной ткани. Мышечная оболочка формирует два сфинктера, которые играют значительную роль в акте дефекации. Внутренний сфинктер прямой кишки образован утолщением гладких миоцитов внутреннего слоя мышечной оболочки, внешний - пучками волокон исполосованной мышечной ткани. Верхняя часть прямой кишки покрыта серозной, анальная часть - адвентициальным оболочкой.