Желудок, тонкая и толстая кишка начинает развиваться на третьей неделе эмбриогенеза. К концу второго месяца формируются все основные их отделы. Эпителий слизистой оболочки желудка, тонкой и толстой кишок, за исключением анального отдела последней развивается из энтодермы кишечной трубки. Источником образования эпителия кожной и промежуточной зон анальной части прямой кишки является эктодерма анальной ямки зародыша. Просвет задней кишки зародыша человека ранних стадий развития закрыт так называемой анальной мембраной, которая возникает в области контакта между кишечной эндодермой и эктодермой анальной ямки зародыша. Перфорация последней осуществляется на восьмой неделе эмбриогенеза. В доження постепенно редуцируются. Соединительная и мышечная ткань всех четырех оболочек пищеварительной трубки образуется из мезенхимы, окружающей кишечную эндодерму, нервные элементы имеют нейроэктодермальное происхождение. Мезотелий серозной оболочки развивается из мезодермы.
